気になっていたところをプチカスタマイズしました。
MTは奥が深いなぁ......！ 理由も合わせてメモ。

• MTPaginateを無効化
• サイドバーのブログパーツをフッターへ移動
• 全アーカイブ一覧ページをサイドバーに移動
• 各ページの下部に各カテゴリへのリンクを配置
• 各個別ページの下部に前後の記事へのリンクを配置
• 各個別ページの関連記事へのリンクを配置
• （失敗）各カテゴリアーカイブページをページ分割

MTPaginateを無効化
毎回、記事の投稿時に再構築が重いため削除しました（500エラーも出るし）。
せっかくページを分割しても、記事が中途半端にしか出てこないんじゃ意味もないし。

サイドバーのブログパーツをフッターへ移動
自分だけが楽しいブログパーツの表示は下のほうでいい。

全アーカイブ一覧ページをサイドバーに移動
逆に、全てのアーカイブ一覧ページは下のほうにあったら勿体ないかなと。

各ページの下部に各カテゴリへのリンクを配置
メインページを下まで見た後、他にも見てもらえるようにと（ブログを見慣れていない人のためにも）。
<div id="moreEntry">
<p>↓他にはこんな記事を書いてます↓</p>
<ul>
<MTCategories include_blogs="all">
<li>
<a href="<$MTCategoryArchiveLink$>"><$MTCategoryLabel$></a>
（<$MTCategoryCount$>）：<$MTCategoryDescription$>
</li>
</MTCategories>
</ul>
</div>
http://www.movabletype.jp/cgi-bin/mt4/mt-search.cgi?tag=category&blog_id=3&IncludeBlogs=3

各個別ページの下部に前後の記事へのリンクを配置
個別ページがサイドバーのリンク以外は行き止まりになっている対策その1。
http://www.movabletype.jp/documentation/appendices/tags/entrynext.html
http://www.movabletype.jp/documentation/appendices/tags/entryprevious.html

各個別ページの関連記事へのリンクを配置
個別ページがサイドバーのリンク以外は行き止まりになっている対策その2。
http://code.as-is.net/public/wiki/TagSupplementals_Plugin.ja_JP
http://www.boomlabo.net/movable_type/000093.html

（失敗）各カテゴリページをページ分割
各カテゴリページ、月別アーカイブページを分割表示するプラグインを見つけたんですが、動きが安定しなかった......。
一部は動いたので、また改めてやってみよう。
http://www.aldenbates.com/plugins/pagedarchives.html
http://cybermax.jp/2008/06/mt42-paged-archives.html
http://www.taskmother.jp/mtplugin/archivepagepaged_archives_plug.html
http://www.boomlabo.net/movable_type/000028.html